分八卷，收书十四种。可概分为两类：一为注释。计有：《黄帝阴符经测疏》二卷， 《老子道德经玄览》二卷，《周易参同契测疏》一卷，《周易参同契B义》一卷，《无上玉皇心印妙经测疏》一卷，《崔公入药镜测疏》一卷，《纯阳吕公百字碑测疏》一卷， 《紫阳真人金丹四百字测疏》一卷，《龙眉子金丹印证诗测疏》一卷，《邱长春真人青天歌测疏》一卷，共十种。一为撰著，计有：《玄肤论》一卷，《金丹就正篇》一卷， 《金丹大旨图》一卷，《七破论》一卷，共四种。黄邃《悟真篇注》跋称，明刊《方壶外史》又收陆西星《悟真篇小序》一卷，如然，则明刊《方壶外史》共收书十五种。
十种注释书中，后八种为丹经注释，前两种《老子道德经》和《阴符经》本非丹书，但陆西星认为：“《老子》者，圣人道德之微言，而性命之极致也。”“若夫溯大道之宗，穷性命之隐，完混沌之朴，复真常之道，则孰先《老子》？”①即认为《老子道德经》是修道修丹之祖宗。又称世人将《阴符经》分为“神仙抱一之道”、“富国安民之旨”、“强兵战胜之术”等三篇，“固已支离破碎，大失经旨”，“而兵家者流，又窃其八卦甲子神机鬼藏之说，以为兵机，不根甚矣”！他认为： “《阴符经》，固古之丹经也。”②基于上述认识，故将《老子道德经》和《阴符经》视为最古最基本之丹经而加注释，并从中发挥了他的内丹思想。四种撰著为陆西星直接阐述内丹理论和方法的著作。《玄肤论》一卷，二十篇，详论修丹理论、步骤和方法，计有：三元论、内外药论、阴阳互藏论、先天后天论、铅汞论、元精元气元神论等。《金丹就正篇》一卷，三篇，阐述阴阳双修理论，称直接得之于吕祖(洞宾)。《七破论》一卷，七篇，批驳世上流行的“邪术”、“愚见”，有《破非论》《破伪论》《破执论》《破邪论》《破疑论》《破愚论》《破痴论》等。 《金丹大旨图》一卷，绘“先天无极之图”、“太极未分之图”等八幅内丹图，解说内丹。
陆西星内丹说，宗承南宗双修派，主阴阳双修。他很推崇元代双修派传人陈致虚，说：“间尝参读诸家真一抱一玉吾之书，分注错经，互有挂漏；而求其心领神会，以得乎立言之旨者，则惟上阳(陈致虚号上阳子)近之。”③因此在《金丹就正篇》中明确标示阴阳双修之旨，说：“金丹之道，必资阴阳相合而成。阴阳者，一男一女也，一离一坎也，一铅一汞也，此大丹之药物也。夫坎之真气谓之铅，离之真精谓之汞，先天之精积于我，先天之气取于彼。何以故？彼坎也，外阴而内阳，于象为水为月，其于人也为女；我离也，外阳而内阴，于象为火为日，其于人也为男。故夫男女阴阳之道，顺之而生人，逆之而成丹，其理一焉者也。”但如何阴阳双修，其关键之处如“开关”、 “展窃”、“交气”等，却不著于文字。
另一方面，其丹法中又有许多与清修派相通之处，如《玄肤论》强调修丹之要在于炼神、调息，而炼神的主要步骤，一是澄神(其要为遣欲)，二是养神，三是凝神；调息的要诀是勿忘、勿助，顺其自然。
陆西星以其系统的丹法理论，肇开内丹东派，对明代中叶以后的内丹界产生过相当大的影响，其内丹丛书《方壶外史》则是研究此派丹法的基本材料。鉴于此派之后继人不彰，此书更具研究之价值。
