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汉顺帝时，琅邪人宫崇到皇宫门前献上一部《太平清领书》，厚达170卷， 自称是他的老师于吉在曲阳泉水上所得的神书。汉顺帝没有称赞这部书，也没有赏赐宫崇，将书收藏了起来。汉桓帝时，平原隰阴人襄楷再次推荐《太平清领书》，又不为用。虽未明文禁止，这种束之高阁的作法却是不禁之禁。试想，皇帝不用，在统治阶级中谁还敢用？北宋贾善翔《犹龙传》卷四《授于吉太平经》说，宫崇献给汉顺帝的书就是《太平经》。《太平经》为太平道的基本经典。《后汉书》记载，于吉神书以奉事天地、顺应五行为主要内容，也有兴国广嗣之术。今存《太平经》与这一记载相符合。
汉顺帝和桓帝将《太平经》束之高阁，据说是因为《太平经》“妖妄不经”“多巫觋杂语”。所谓妖妄不经等等，是一种含混其词的借口。真正的原因恐怕是因为《太平经》的一些内容包含着农民的愿望。比如，《太平经》一些篇章反对过度剥削，谴责昏君和贪官污吏，主张男女平等，自食其力，周急救穷，向往没有剥削和压迫的乌托邦社会。这些内容不合封建统治阶级口味，隐藏着煽动民众造反的可能性，使顺帝和桓帝隐隐地感到不安。汉灵帝时，巨鹿人张角发动黄巾起义。张角利用原始道教太平道发动群众，公然藐视不禁之禁，以《太平经》为主要经典。它证明了汉顺帝和桓帝的政治嗅觉是灵敏的。
黄巾起义
据《云笈七签》卷111引六朝《洞仙传》记载，三国孙策平定江东，时有于吉传道，士民事之如神，尊称他为干（于）郎。孙策将于吉请到军中为客，请他为自己占卜，以符水为将士治病。于吉道术高明，获得将士广泛的尊崇，将士们甚至“先拜吉，后朝策”。这种局面刺伤了孙策狭隘的专制主义的自尊心，令他担心自己的统治地位受到于吉的威胁，于是他借故杀掉了于吉。孙策虽然只是武装割据势力，但封建专制主义的“天无二日，国无二君”的政体和意识在他那里并无不同。孙策的行为表明专制主义者对于有损自己威望、威胁自己地位的言行，哪怕是一点点影子，都是十分敏感的。
《洞仙传》说，于吉尸解后，经常在孙策前后显灵作祟，使孙策为刺客所伤，继而恐吓大叫，伤口迸裂而死。这是神话，隐蔽地谴责了孙策滥杀无辜的专制主义行径。《洞仙传》又说，孙策死后，“世中犹有事干（于）君道者”。这位于吉是否就是在曲阳水上得神书《太平经》的那位于吉，很难说清，但所谓于君道就是当年的太平道。这段记载表明，黄巾起义失败后，太平道或转入地下，或改头换面继续活动，《太平经》在汉末吴初继续流传。
东晋葛洪整理其师郑隐家中藏书，简略地抄录了书目，写成一篇文章，名为《遐览》，收入《抱朴子内篇》。《遐览》著录曰“《太平经》五十卷，《甲乙经》一百七十卷”。《甲乙经》是《太平经》的另一个书名。《遐览》表明，《太平经》在东晋时仍在流传。
不仅如此，南北朝时期，孟法师等在“三洞”的基础上，增加“四辅”，作为《道藏》的类别。其中一类叫做“太平部”，专收以《太平经》为首的道经。南北朝上距东汉末年时间已远，朝代更迭，《太平经》似乎不那么忌讳了，所以奉《太平经》为主要经典的道派居然能成为当时的主流道派之一。不过这些道派在当时的活动情况未能记载下来，后来显然是沉寂了，融合到其它派别中去了。由于《道藏》七部分类法沿袭下来，《太平经》也随着历代编修《道藏》保存了下来，今存明《道藏》太平部收有《太平经》残卷57卷和唐闾丘方远《太平经钞》10卷等。
与黄巾起义几乎同时，张鲁利用另一原始道教五斗米道割据巴蜀近三十年。张鲁著《老子想尔注》，令教民诵习。从今存《老子想尔注》半部残卷中倒是看不到反映农民思想的内容。况且张鲁最后投降了曹操，五斗米道的命运要比太平道好得多。但五斗米道分化了，一部分转变为贵族道教，一部分仍在民间，沦为“淫祀”。由于原始道教具有反叛性格，故而承继东汉的三国和两晋政权，无不对原始道教时时防范。魏武帝曹操、魏文帝曹丕、晋武帝司马炎等均数次废禁“淫祀”，曹丕甚至禁祀老子。虽然至今没有发现魏晋统治者颁布的禁毁《老子想尔注》的命令，但可以推断《老子想尔注》等原始道经不为统治阶级所欢迎。明《道藏》未收《老子想尔注》，《老子想尔注》多亏敦煌遗经才保存下来。
